Пацієнт лягає на платформу, яку поміщають усередину томографа. Він виглядає як закритий тунель, де отвори є тільки зверху та знизу. Під час процедури потрібно розслабитися та лежати спокійно, не рухаючись.
Закритий томограф виглядає як циліндричний тунель, який завозять на спеціальному столі пацієнта для дослідження. Довжина сучасних закритих томографів становить 160 див і ширина – 60 див.
При необхідності у кабінеті МРТ може бути супроводжуючий, який зможе відволікти пацієнта на час скринінгу. Томограф обладнаний аудіозв'язком з лікарем та сигнальною грушею. При виникненні складнощів під час сканування пацієнт може повідомити про це рентгенологу та попросити перервати процедуру.
Принцип роботи МРТ томографів закритого і відкритого однаковий. Відмінність полягає в тому, що перший комфортніший, а другий потужніший. Але закритий апарат підходить не всім. Діти до 12 років, люди з зайвою вагою і страждають на клаустрофобію не можуть проходити дослідження на ньому.